Boa tarde Duoglas.
Esta diferença no LCM deve ser de centavos, algumas vezes isto ocorre devido a forma com o SAP calcula os impostos, onde por padrão ele calcula com 6 casas decimais mesmo nos casos onde em configurações de casas decimais os valores estão configurados para trabalhar com 2 casas (padrão para o brasil).
Você poderia verificar se a configuração abaixo (print) está ativada?
Caso não esteja, faça todo o teste em um ambiente de homologação, ativando a opção e fazendo lançamentos de teste.
IMPORTANTE: Esta configuração faz o SBO calcular os impostos com a mesma quantidade de casas decimais definida em valores, assim não ocorrem problemas em LCMs.
Teste e depois nos dê um feedback.
Abraços,
Rodrigo da Costa Feula