Olá Cuti e Andrew, gostaria de tentar colaborar com o assunto, tenho acompanhado o B1 há algum tempo...trago com isso as minhas visões para tentar ajudar...
Sobre o multifilial e consolidação de bases, tudo começou com a SAP e já faz tempo (fala-se desde a 2005B), existia a muito tempo um produto chamado B1BC, que seria para consolidação de bases. Depois de um tempo surgiu o intercompany, foi criado desde a família 8 substituindo o B1BC. Caso não tenham utilizado o Intercompany, participei de uma implementação e a ferramenta é fantástica (gera um grande trabalho de implantação e na análise dos cenários de consolidação; requer uma infra mais potente; recentemente em suas ultimas versões recebeu novas e excelentes funcionalidades). Mais recente surgiu o multifilial e todos eles antecedem a Invent (fundada em 2010).
Com relação ao custo, anteriormente era obrigatório ativar a opção de custo por depósito, o que gerava transtornos, uma vez que dentro uma empresa com vários depósitos o custo ficava em cada depósito, podendo ficar diferente e não gerando custo médio. Acabei de testar e na 9.2 não é mais obrigatório ativar o custo por depósito logo passa a existir o custo médio por empresa.
Conheço uma equipe de implementação que em um determinado projeto, implantou empresas coligadas em uma mesma base multifilial e até onde acompanhei não houveram problemas com as obrigações, se não estou enganado inclusive rodando o Skill, mas neste ponto a consulta à Skill é fundamental.
O amadurecimento do B1 nos últimos anos foi alto e cada vez mais as funcionalidades estão maduras, os públicos e as plataformas B1 e R/3 são diferentes e não há como comportar em $$$ os valores de uma implantação de ECC para uma PME. A SAP tem estendido muito as funcionalidades do Business One, à pouco "Recursos de produção" só existiam em ferramentas como B1Plus e Be.as, mas isto agora já está no Core. O mesmo vale para NFe que está amadurecendo.
Com mais de 50.000 empresas rodando esta solução em mais de 100 países, não faz muito sentido que pensem na oferta do ECC como única solução para coligadas. Existe um movimento inclusive da SAP para rodar B1 em filiais e coligadas de grandes empresas, onde já contam com mais de 2000 coligadas e filiais de + de 300 grandes empresas.
Cuti recomendaria uma avaliação profunda do caso, acredito que você possa ter uma boa surpresa.
Abraços.
Rodrigo da Costa Feula